Qui Carlo Malinconico inizia il corso di laurea in giurisprudenza che conclude all’Università ‘Statale’ di Milano laureandosi a pieni voti nel 1972 con una tesi in diritto penale sulla responsabilità del direttore di periodico per i reati commessi col mezzo della stampa.
Nel 1976, dopo aver concluso il servizio militare come allievo ufficiale e poi come sottotenente di complemento a Torino, Carlo Malinconico supera l’esame di abilitazione a procuratore legale e vince i concorsi pubblici in magistratura e a Procuratore dello Stato. Viene quindi assegnato all’Avvocatura dello Stato di Milano. Nel 1979, vince i concorsi pubblici ad avvocato dello Stato, giudice del TAR e giurista della Comunità europea. Resta come avvocato nell’Avvocatura dello Stato di Milano, dove presta quindi servizio complessivamente per nove anni, dal 1976 al 1985.
Erano gli anni di piombo. Non si scherzava, allora: ha rappresentato lo Stato anche come parte civile in processi delicati, come quello per l’assassinio del giornalista Walter Tobagi.

Nel 1984, supera – come primo in graduatoria – il concorso pubblico più difficile: quello a consigliere di Stato, celebrato anche in una famosa novella di Luigi Pirandello, e ricopre tale carica dal 1985 al 2002. Nel 2002 Carlo Malinconico opta, come altri magistrati, per la Scuola superiore dell’economia e delle finanze (SSEF): lascia il Consiglio di Stato con il titolo di Presidente di Sezione onorario ed entra – analogamente agli altri colleghi della Scuola – nel ruolo dei professori ordinari della SSEF come Professore di diritto dell’Unione europea. Partecipa poi ad un concorso pubblico per il trasferimento all’Università degli studi di Udine e, dal novembre 2002, insegna nella facoltà di giurisprudenza di quell’Università fino all’ottobre 2005, quando viene chiamato dalla facoltà di giurisprudenza dell’Università di Roma Tor Vergata. A Roma, insegna dal novembre 2005 all’ottobre 2011, data nella quale, su sua domanda, è collocato in pensione. Oggi Carlo Malinconico continua a svolgere gratuitamente l’insegnamento. Nel 2003 Carlo Malinconico fonda lo Studio legale Malinconico, una “boutique” legale di cui va particolarmente orgoglioso. Si è cancellato dall’Albo per i periodi in cui ha assunto cariche pubbliche – Segretario generale della Presidenza del Consiglio dei ministri e Sottosegretario alla Presidenza del Consiglio dei ministri – e si è reiscritto alla cessazione degli incarichi pubblici. Ha fatto l’avvocato, il giudice e il professore.

Ha difeso davanti ai giudici civili e penali, al TAR, al Consiglio di Stato, alla Corte dei conti, alla Corte di Cassazione, alla Corte Costituzionale, alla Corte di giustizia dell’Unione europea. In questi quarant’anni di carriera ha maturato una vasta esperienza nel campo del diritto amministrativo, del diritto dell’UE, del diritto pubblico dell’economia, degli appalti e delle concessioni, dell’ambiente. Materie nelle quali ha svolto sia attività professionale di consulenza e difesa, sia attività didattica, di produzione scientifica e partecipazione a numerosi convegni. Ha ricoperto incarichi nella pubblica amministrazione, fra gli altri quelli di capo dell’Ufficio legislativo del Ministero delle Partecipazioni Statali e del Ministero del Tesoro. È stato Capo del Dipartimento degli affari giuridici e legislativi della Presidenza del Consiglio dei Ministri (1996 – 2001), Direttore generale dell’Autorità dell’energia elettrica e del gas (2002), Segretario generale della stessa Presidenza nel Governo Prodi II (2006 – 2008) e Segretario generale della Presidenza del consiglio (maggio 2006 – maggio 2008). Ha acquisto una specifica competenza nel diritto pubblico dell’economia e nella disciplina delle fonti di energia. Si è impegnato anche a livello internazionale dando un contributo nei rapporti con la Comunità europea, quale Coordinatore della struttura di missione della Presidenza del Consiglio dei Ministri per speciali procedure contenziose con le istituzioni europee (2001-2002) e Presidente della Commissione per il recepimento delle direttive comunitarie (1996 – 2001).Carlo Malinconico ha fatto parte del comitato di esperti in diritto amministrativo per il Consiglio d’Europa negli anni 2000 ed è stato designato dal Governo italiano nel 2001 nella terna per la nomina a giudice della Corte europea dei diritti dell’uomo. Tra i numerosi incarichi, anche quello di componente della Corte federale della Federazione Italiana Gioco Calcio, fino alle dimissioni avvenute nel luglio 2006.

E’ autore di pubblicazioni di diritto amministrativo e comunitario, in particolare nelle materie del diritto ambientale, degli appalti e concessioni, del project financing. E’ stato dal 9 luglio 2008 a novembre 2011 Presidente della Federazione Italiana Editori Giornali.
Dal 29 novembre 2011 al 10 gennaio 2012 ha ricoperto la carica di Sottosegretario di Stato alla Presidenza del Consiglio dei Ministri del Governo Monti con delega all’editoria, agli affari regionali e al coordinamento amministrativo. Dal 22 aprile 2012 è stato per sei mesi, a seguito dello scioglimento del consiglio di amministrazione, Commissario straordinario della Fondazione Valore Italia, ente che si occupa della promozione del made in Italy. La Fondazione, a seguito della spending review, è stata soppressa per legge con decorrenza dalla fine del 2013 e le relative funzioni sono passate al Ministero dello sviluppo economico. Il suo incarico di Commissario è cessato, come previsto dall’atto di nomina, alla fine di ottobre 2012. Oggi esercita l’attività forense come avvocato abilitato all’esercizio davanti alle giurisdizioni superiori con pieno successo, come testimoniato dal conseguimento negli anni 2016, 2018 e 2019 del prestigioso premio “Le Fonti” come “avvocato dell’anno in diritto amministrativo”. Nel 2021, insieme all’avvocato Domenico Gentile, avvia lo Studio Legale Malinconico&Gentile, attivo nel settore del diritto amministrativo.
Ama lo sport e in particolare il calcio, la bicicletta, il nuoto e la pallavolo che ha praticato da giovane, ma anche il tennis e lo sci. Ama molto la musica, sia classica che pop – soprattutto i Beatles – e gli piace viaggiare perché ritiene che sia una forma di continuo apprendimento della realtà e della nostra stessa essenza. Ed è anche per questo che tra i classici della letteratura, oltre a Proust e agli autori italiani, predilige particolarmente James Joice, che – e forse non è un caso – ha vissuto a lungo a Trieste .